Ambos impedem as pessoas de verem o seu rótulo eletrônico, mas são muito diferentes:

• Cancelar publicação — oculta o rótulo eletrônico e o coloca de volta em rascunho. O código QR ainda existe; ele simplesmente não exibirá o rótulo eletrônico até que você o publique novamente. Isto é reversível — use-o quando quiser ocultar uma etiqueta temporariamente.
• Excluir — remove permanentemente o rótulo eletrônico e o seu código QR. O código QR deixa de funcionar quando digitalizado, e isto não pode ser desfeito.

Em caso de dúvida, despublique. Apague apenas as etiquetas que tem certeza de que nunca mais precisará. (Você deve despublicar uma etiqueta antes de poder apagá-la.)